Тоқтар Әубәкіров 1946 жылы 27 шілдеде Қарағанды облысының Бірінші Май ауылында дүниеге келген. Бала кезінен авиацияға қызығып, мектепте оқып жүргенде аэроклубқа қатысып, алғашқы парашютпен секірулерін жасаған. Кейін Армавир жоғары әскери авиациялық училищесін тәмамдап, әскери ұшқыш атанды. Қиыр Шығыстағы әскери бөлімдерде қызмет етіп, жоғары кәсіби дайындығының арқасында бірінші дәрежелі әскери ұшқыш мәртебесіне ие болды.
1975 жылы сынақшы-ұшқыштар құрамына қабылданып, бір жылдан кейін Мәскеудегі А.Микоян атындағы тәжірибелік-конструкторлық бюрода еңбек етті. Осы кезеңде ол 50-ден астам жаңа әскери ұшақ үлгісін сынақтан өткізіп, авиациялық техниканы жетілдіруге елеулі үлес қосты.
1988 жылы Тоқтар Әубәкіров Кеңес Одағы тарихында алғаш рет әуеде екі мәрте жанармай құйып, Солтүстік полюске дейін ұшу тапсырмасын сәтті орындады. Осы ерлігі үшін оған Кеңес Одағының Батыры атағы берілді.
Ал 1989 жылы ол «МИГ-29К» палубалық жойғыш ұшағын авиакрейсерге қондырып, кейін сол кемеден трамплин арқылы қайта әуеге көтерілген әлемдегі алғашқы ұшқыш атанды. Бұл жетістік оның есімін Гиннестің рекордтар кітабына енгізді.
1991 жылғы 2 қазанда Тоқтар Әубәкіров «Союз ТМ-13» ғарыш кемесімен ғарышқа ұшып, қазақ халқының ғасырлар бойғы арманын орындады. Ол «Мир» орбиталық стансасында 7 тәулік 22 сағат 13 минут болып, экология, медицина, биология және материалтану салаларында ғылыми тәжірибелер жүргізді. Арал теңізінің экологиялық жағдайына қатысты зерттеулер халықаралық ғылыми ортада жоғары бағаланды.
Тәуелсіздік жылдары Тоқтар Әубәкіров Президенттің ғарыш мәселелері жөніндегі кеңесшісі болды. Сондай-ақ 1992–1993 жылдары Қорғаныс министрінің орынбасары қызметін атқарып, Қазақстан Қарулы күштерінің қалыптасуына үлес қосты. Кейін бірнеше мәрте Мәжіліс депутаты болып сайланып, қоғамдық-саяси қызметпен айналысты.
Бүгінде Тоқтар Әубәкіров зейнеткерлік демалыста болғанымен, жастарды отансүйгіштікке тәрбиелеу, әскери қызметтің беделін арттыру және ұлттық құндылықтарды насихаттау бағытындағы қоғамдық жұмыстарға белсенді қатысып келеді. Ол Кеңес Одағының Батыры, Халық қаһарманы, «Отан» орденінің және басқа да мемлекеттік әрі халықаралық марапаттардың иегері.
